En l'an 2035, 99% de la population mondiale a été décimée par un mal mystérieux. Les rares survivants imaginent trouver la solution en remontant jusqu'en 1996. James Cole est désigné pour cette mission. De retour à notre époque, il lui faut décrypter les signaux mystérieux lancés par une association sécrète nommée L'Armée des 12 Singes.