En 1614 le Japon est dirigé par les Shoguns qui ont su unifier le pays en imposant la paix. Pour en finir avec les années de chaos, le Shogunat décide de mettre un terme à la rivalité existant entre les clans Iga et Koga, deux familles de ninja rompues à l'art ancien du Shinobi, dernier vestige du passé guerrier des Japonais. Profitant de la haine existant entre les deux familles, le premier Shogun oblige les chefs des deux tribus à désigner respectivement leurs cinq meilleurs guerriers, pour un combat à mort au terme duquel sera désigné l'héritier du royaume...
En adaptant au cinéma le célèbre et violent manga Basilisk, le réalisateur Ten Shimoyama livre un long-métrage aux airs de Roméo et Juliette, mais transpose son histoire dans un Japon médiéval-fantastique. Des clans opposés, une haine millénaire et un amour impossible, Shinobi plonge le spectateur au coeur d'un gigantesque jeu de massacre émaillé de combats d'anthologie et de plans aériens virtuoses pour une aventure frénétique, à mi-chemin entre le jeu vidéo et le manga ultraviolent.