Les relations se tendent entre Kiyoko et la comtesse, qui la soupçonne d'avoir contacté les Gilgamesh de son propre chef. Kiyoko apprend que cette dernière connaissait son père, mais aussi sa mère, morte alccolique et surendettée. Tatsuya continue de développer peu à peu le "Dynamis" qui était enfoui en lui. Kiyoko, qui ne souhaitait rien d'autre qu'une vie simple et heureuse commence à désapprouver ce que son frère est en train de devenir, la comtesse qui veille sur lui et les ORGA. Le lendemain d'une dispute avec Tatsuya, Liyoko prend la fuite...