Après quatre années passées au service des Men In Black, l'agent J n'a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. Au cours d'une enquête, il découvre un complot extraterrestre menaçant notre planète. J doit alors se tourner vers son ancien compagnon d'armes K, dont la mémoire a été effacée lors de son retour à la vie civile.  L'agent J va donc devoir utiliser son imagination pour le faire sortir de sa retraite et déjouer le complot.

Cinq ans après le premier épisode, l'agent J et l'agent K, les deux célèbres chasseurs d'Aliens en costume noir, sont de retour pour je cite : « protéger la Terre contre la racaille de l'univers ! » Effets spéciaux spectaculaires, action déjantée, extraterrestres aux traits délirants, Men In Black 2 joue ouvertement la carte du film de science-fiction parodique. Et ça fonctionne !